MC-Sym logo


Mc-Sym 3.3.2

Modélisation moléculaire par satisfaction de contraintes English


Mc-Sym (Macromolecular Conformations by SYMbolic programming) est le fruit d'efforts conjoints entre les départements d'informatique et de biochimie de l'Université de Montréal afin de développer un outil de modélisation tri-dimentionnelle des structures d'ARN.





















Mc-Sym est un logiciel de modélisation de structures tri-dimentionnelles d'ARN qui utilise des coordonnées et des relations entre résidus extraites de structures cristallographiées, de résultats de RMN et de modèles théoriques. Ces structures proviennent des bases de données de RCSB Protein Data Bank et de Rutgers Nucleic Acid Database. Le modélisateur permet l'ajout de contraintes à la procédure de construction afin de générer des modèles valides. Les instructions de construction et de contraintes peuvent s'écrire dans un script ou être entrées interactivement dans le modélisateur mcsym.

Mc-Sym 3.3.2 contient:
  • mcsym le modélisateur;
  • base de données mcsym l'ensemble des résidus et des relations entre les structures. Vous pouver obtenir la dernière version de la base de données à cette adresse;
  • mcrms calcule la rmsd entre des structures, ce programme permet aussi d'aligner des structures;
  • toleap / fromleap outils de conversion entre le format pdb de mcsym et le format pdb de leap.

Mc-Sym 3.3.2 est présentement disponible pour les plateformes suivantes:

  • Linux glibc 2.3
  • IRIX 6.5
  • SunOS 5.9




Vous pouvez obtenir gratuitement et tester une version de démonstration de Mc-Sym. Cette version limite la taille des séquences d'ARN à 9 nucléotides.

Version de démonstration
Mc-Sym 3.3.2 irix 6.5 linux glibc 2.3 sunos
Mc-Sym 3.1 irix 6.5 linux glibc 2.1 sunos


Le Projet de Documentation


Pour obtenir la version complète de Mc-Sym 3.3.2.


























lbit Web logo

© 2004 Laboratoire de Biologie Informatique et Théorique