Projets de recherche


MC-Sym: Logiciel de modélisation moléculaire par satisfaction de contraintes.

MC-Sym est un logiciel de modélisation de structures tri-dimentionnelles d'ARN qui utilise des coordonnées et des relations entre résidus extraites de structures cristallographiées, de résultats de RMN et de modèles théoriques. Ces structures proviennent des bases de données de RCSB Protein Data Bank et de Rutgers Nucleic Acid Database. Le modélisateur permet l'ajout de contraintes à la procédure de construction afin de générer des modèles valides. Les instructions de construction et de contraintes peuvent s'écrire dans un script ou être entrées interactivement dans le modélisateur mcsym.



Annotator: Détermination des éléments de structure secondaire d'ARN.

The simple Mc-Annotate program analyzes a RNA structure and identifies the following components of the structure: sequences, residue conformations, base-pairs, structural elements that interact, base triples, adjacent interactions (stacked, paired or not), non-adjacent stacked interactions, helices (bulges of length 2 or less), strands (single-strands, loops, hairpins, bulges) and pseudoknots.



Classification des appariements de nucléotides.




Rnaml: Une syntaxe standard pour l'échange d'information sur les ARN.

This is the main resources page for the RNAML syntax for exchanging RNA information. This syntax was designed to easily express data on RNA sequence and structure, and to allow the transmission of information among the RNA community.




SPF: Un engin de recherche de régions structurées dans les séquences d'ARN.

Our structural pattern finder is a tool that identify regions of a given RNA or DNA sequence that possess a high probability of being structured. This is achieved by computing, for each region, the difference between the folding free energy of the native sequence with the average folding free energy of randomized sequences of the same base composition.