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Projets de recherche
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MC-Sym: Logiciel de modélisation moléculaire
par satisfaction de contraintes.
MC-Sym est un logiciel de modélisation de structures
tri-dimentionnelles d'ARN qui utilise des coordonnées et des
relations entre résidus extraites de structures
cristallographiées, de résultats de RMN et de
modèles théoriques. Ces structures proviennent des
bases de données de RCSB Protein Data Bank et de Rutgers
Nucleic Acid Database. Le modélisateur permet l'ajout de
contraintes à la procédure de construction afin de
générer des modèles valides. Les instructions
de construction et de contraintes peuvent s'écrire dans un
script ou être entrées interactivement dans le
modélisateur mcsym.
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Annotator: Détermination des éléments
de structure secondaire d'ARN.
The simple Mc-Annotate program analyzes a RNA structure and
identifies the following components of the structure: sequences,
residue conformations, base-pairs, structural elements that
interact, base triples, adjacent interactions (stacked, paired or
not), non-adjacent stacked interactions, helices (bulges of length 2
or less), strands (single-strands, loops, hairpins, bulges) and
pseudoknots.
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Rnaml: Une syntaxe standard pour l'échange
d'information sur les ARN.
This is the main resources page for the RNAML syntax for exchanging
RNA information. This syntax was designed to easily express data on
RNA sequence and structure, and to allow the transmission of
information among the RNA community.
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SPF: Un engin de recherche de régions
structurées dans les séquences d'ARN.
Our structural pattern finder is a tool that identify regions of a
given RNA or DNA sequence that possess a high probability of being
structured. This is achieved by computing, for each region, the
difference between the folding free energy of the native sequence
with the average folding free energy of randomized sequences of the
same base composition.
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