English
Français

Outils

Recherche de tiges / tige-boucles

Tige/tige-boucle de la requête

Depuis un fichier:
ou en texte:

↑ Charger un exemple.

Paramètres avancés

Rechercher parmi les éléments de même nature
Rechercher parmi les tiges seulement
Rechercher parmi les tiges-boucles seulement
Rechercher aussi bien parmi les tiges que les tiges-boucles

Algorithme:Les détails techniques concernant les algorithmes sont disponibles sur la page "Info>Détails algorithmiques".

Type de calcul d'alignement
par distance d'éditionCalcule un coût minimal pour transformer une structure en une autre.
par score globalCalcule le score maximal de correspondance entre deux structures.

retracer l'alignement des structuresSi vous cocher cette option, l'algorithme d'alignement ajoutera au score calculé l'alignement des structures, c'est-à-dire les correspondances entre chaque base ou pont hydrogène des structures comparées. Ceci requiert plus de mémoire et de temps que le simple calcul d'un score et il vous est recommandé de décocher cette option si vous n'êtes pas intéressé par l'alignement structurel.
détails algorithmiques dans la sortie bruteSi vous cocher cette option, l'algorithme d'alignement sortira des détails comme la matrice de distances ou des informations sur le retraçage de l'alignement. Vous pouvez télécharger ces informations en utilisant le lien "Télécharger la sortie brute" de la page des résultats.

>Schéma de score Cliquez ici pour afficher ou cacher le schéma de score.
Les coûts des différentes opérations sont des rééls.
Pour le calcul de distances, l'algorithme cherche les opérations de coûts minimaux. Pour que le calcul ait un sens, il est recommandé d'utiliser un coût nul pour les correspondances et un coût positif ou nul pour les autres opérations.
Pour le calcul de scores, l'algorithme cherche les opérations maximisant le score. Pour que le calcul ait un sens, il est recommandé d'utiliser un coût positif élevé pour les correspondances et un coût négatif ou null pour les autres opérations.

Mode d'édition du schéma de score
éditer en fonction des types d'opérations
éditer en fonction des bases mises en jeu
éditer en mode expert

|| Rupture de la chaîne nucléique (ie. alignement d'une tige-boucle avec une tige)
-- Raccord de deux extrémités de chaînes (ie. alignement d'une tige avec une tige-boucle)

Mutation d'une base simple Mutation d'une paire Autres mutations
m Correspondance M Correspondance complète d'une paire A Altération
r Substitution R Substitution C Complétion
i Insertion I Insertion B Bris de paire
d Suppression D Suppression P Création de paire
      h Correspondance partielle d'une paire R Réappariement d'une base

↑ Rétablir le schéma de score par default

  - -A A- -U U- -G G- -C C- AU UA GC CG GU UG cp Faire ressortir les opérations de type:
-    
-A
A-
-U
U-
-G
G-
-C
C-
AU
UA
GC
CG
GU
UG
bp    

cp: création de paires
bp: bris de paires

↑ Rétablir le schéma de score par default

↑ Symétriser le triangle supérieur droit sur le triangle inférieur gauche

↑ Symétriser le triangle inferieur gauche sur le triangle supérieur droit

> Exporter le schéma de score au format texte (pour copier/coller seulementAttention: Si vous utilisez le menu "Enregistrer sous..." du popup, la page sauvegardée ne sera pas celle du popup mais celle du formulaire de comparaison!)

> Importer un schéma de score au format texte


Spécifier un coût particulier:
Les codes reconnus pour les bases sont (codes CBN, IUPAC-IUB):
A:AdenineR:Purine (A ou G)B:Non-adenine (B suit A)
U:UridineY:Pyrimidine (C ou U)V:Non-uracile (V suit U)
G:GuanineM:Amino (A ou C)H:Non-guanine (H suit G)
C:CytosineK:Keto (G ou U)D:Non-cytosine (D suit C)
N:N'importe quelle baseS:Pont hydrogène fort (Strong)
(G ou C)
W:Pont hydrogène faible (Weak)
(A ou U)

Pour spécifier une paire, il suffit d'en entrer les deux lettres.
Note: l'ordre des bases d'une paire est important (ie. "AU" n'est pas la même chose que "UA").
l'édition de en a pour coût
le bris de la paire a pour coût
la création de la paire a pour coût
réapparier la base appariée a pour coût

Coûts spécifiés:Cette liste contient les coûts personalisés que vous avez entrés. Les coûts non spécifiés sont calculés automatiquement à partir du schéma de score par défaut. Pour connaître le score par défaut d'une opération, il suffit d'en saisir les opérandes en utilisant l'une des 3 lignes précédentes et son coût s'affichera automatiquement en bout de ligne.

aucun

↑ Effacer les coûts personalisés