//LOLLYPOP RENUMBERED sequence( r A1 UCGCAGUCCAGAGAAGCGA ) //DOMAIN A sequence( r A20 ACCAGAGAAACACAC ) //LEFT LOOP B sequence( r A38 GUGGUACAUUACCUGGUA ) //RIGHT LOOP B //bon_stack-library = library( // pdb // "/u/lambert/minimalRz/S-a-SBS/structures/curving_sbs-001.pdb" //) residue( //Domain A A1 { type_A } 5 A2 { type_A } 5 A3 { type_A } 5 A4 { type_A } 5 A5 { } 100 // C3'_endo anti A6 { C3'_exo && syn} 100 // C2'_endo anti A7 { } 100 A8 { } 10 A9 { type_A } 5 A10 { type_A } 5 //A on top of lolly A11 { type_A } 5 //G6 in wc @ end of H1 A12 { type_A } 5 //A7 A13 { C2'_endo } 10 A14 { type_A } 10 A15 { type_A } 5 A16 { type_A } 5 A17 { type_A } 5 A18 { type_A } 5 A19 { type_A } 5 //helix 3 A20 { } 5 //A15 A21 A24 { helix } 1 //16 to 18 in H3 A25 { } 5 //19 A49 { type_A } 1 //44 A50 A55 { helix } 1 //left loop B A25 A28 { type_A } 5 //20 to 23 A29 { type_A} 50 // C2'_endo anti + dist. 1.0-3.0=diS towards each others A30 { type_A} 50 // C2'_endo anti + dist. 1.0-3.0=diS towards each others A31 { type_A } 10 //26 //helix 4 A32 A34 { helix } 1 //H3 A38 A40 { helix } 1 //right loop B A41 { type_A } 5 A42 { C2'_endo && anti } 15 A43 { C3'_exo && syn } 5 A44 { C2'_endo && anti } 15 A45 { type_A } 5 A46 { type_A } 5 A47 { C3'_exo && anti } 5 A48 { C2'_exo && anti } 5 ) connect( //helix 3 A20 A21 { connect } 20 A21 A24 { helix } 1 //RIGHT H3 A50 A55 { helix } 1 //left H3 // left loop B A24 A25 { stack } 5 A25 A26 { stack } 20 A26 A27 { stack } 20 A27 A28 { stack } 30 A28 A29 { stack } 20 A29 A30 { stack } 10 A30 A31 { stack } 50 A31 A32 { stack } 10 //Helix 4 A32 A34 { helix } 1 //left H4 A38 A41 { helix } 1 //right H4 // right loop B A41 A42 { !stack } 10 A42 A43 { !stack } 20 A43 A44 { !stack } 30 A46 A47 { !stack } 50 A47 A48 { !stack } 50 //SBS-S A1 A4 { helix } 1 A4 A5 { stack } 30 A5 A6 { adjacent && !stack } 100% A6 A7 { stack } 10 A7 A8 { stack } 20 A8 A9 { stack } 20 A9 A10 { connect } 10 A10 A11 { stack } 50 A11 A12 { stack } 10 A12 A13 { stack } 10 A13 A14 { connect } 20 A14 A15 { stack } 20 A15 A16 { connect } 20 A16 A18 { helix } 1 A18 A19 { adjacent } 20 A19 A20 { !stack } 20 ) pair( //helix 2 A1 A19 { wct } 1 A2 A18 { wct } 1 A3 A17 { wct } 1 A4 A16 { wct } 1 //helix 3 // A15 A49 { wct } 1 // this pairing may not be. Opening of the helix A21 A53 { wct } 1 A22 A52 { wct } 1 A23 A51 { wct } 1 A24 A50 { wc } 10 //helix 4 A32 A40 { wct } 1 A33 A39 { wct } 1 A34 A38 { wct } 1 //loop A A13 A7 { S /H } 100% // G8:u+2 A5 A13 { stack && reverse } 100% // G8/a-1 A5 A14 { Ss / Hh } 100% // a-1:A9 //loop B A31 A41 { W/ W } 20 A30 A6 { wc } 100% //C25:g+1 A6 A43 { stack} 100% A29 A43 { 35 } 20 A28 A45 { Hh/Ww && trans} 20 A27 A46 { Hh/Ww && trans} 20 A27 A47 { Wh/Ws && cis} 20 A27 A48 { stack} 20 A26 A48 { 53} 50 A25 A49 { 71} 20 ) sbs_circ = backtrack( (A17 A3 A4 A16 A15 A14 A5 A13)//=(A12 B3 B4 A11 A10 A9 B5 A8) (A5 A6 A30 A29 A43 A44) (A13 A7 A8 A9) (A13 A12 A11 A10) (A3 A2 A18 A19) (A2 A1 ) (A29 A28 A45) (A28 A27 A46) (A27 A47) (A30 A31 A41 A42) (A27 A48 A26) (A26 A25 A49) (A25 A24 A50) (A24 A23 A51) (A23 A22 A52) (A22 A21 A53 A54 A55) (A21 A20) //helix 4 (A31 A32 A40) (A40 A39 A33) (A33 A34 A38) ) sbs_circ_cache = cache( sbs_circ rmsd (0.5 align base_only no_hydrogen) ) adjacency( sbs_circ 1.0 4.0 ) res_clash( sbs_circ fixed_distance 1.0 all no_hydrogen ) distance( A13:N1 A5:O2' 1.0 3.0 //cleavage site A29:O2' A16:O2' 2.0 3.0 A29:N3 A16:O2' 2.0 3.0 A30:O2' A15:O2' 2.0 3.0 A30:O2' A15:N3 2.0 3.0 A43:N1 A5:O3' 1.0 4.0 A45:O2' A5:O1P 1.0 3.5 ) angle( A5:O2' A6:P A6:O5' 130 140 A5:O3' A6:P A6:O5' 95 105 ) explore( sbs_circ_cache fileName_pdb( "/home/dominic/HP/structures/lollypop_renum-1.1-%03d.pdb" ) )