// Model of the sections surrounding the active site sequence( r A1 AAAUAGAGAAGCGA ) sequence( r B6 GUCCUAUUU ) sequence( r B1 UCGCA ) sequence( r A15 ACCAGAGAAACACAC ) sequence( r A33 GUGGUA ) sequence( r A39 CAUUACCUGGUA ) residue( A8 { C3'_exo } 10 A9 { } 10 A10 { } 10 A11 A14 { helix } 1 B1 B4 { helix } 1 B5 { } 10 B6 { C2'_endo } 5 B7 { } 10 B8 { helix } 1 A24 { type_A } 5 A25 { C3'_exo } 10 A26 { } 5 A27 A29 { helix } 1 A33 A35 { helix } 1 A36 { C3'_endo } 1 ) connect( A8 A9 { stack } 20 A9 A10 { connect } 20 A10 A11 { connect } 20 A11 A14 { helix } 1 B1 B4 { helix } 1 B4 B5 { stack } 20 B5 B6 { connect } 50 B6 B7 { connect } 20 A24 A25 { stack } 5 A25 A26 { stack } 10 A26 A27 { helix } 1 A27 A29 { helix } 1 A33 A35 { helix } 1 A35 A36 { stack } 10 ) pair( A9 B6 { XI theo } 1 A11 B4 { wc } 10 B1 A14 { wct } 1 B6 A25 { XIX theo } 1 A8 B5 { stack } 40 A26 A36 { XI theo } 40 A27 A35 { wct } 1 A28 A34 { wct } 1 A29 A33 { wct } 1 ) //building----------------------------------------- helixI = backtrack( ( B5 B6 ) ( B6 A9 A8 ) ( A9 A10 ) ( B6 A25 A26 ) ( A25 A24 ) ( B6 B7 ) ( A26 A36 ) ( A10 A11 ) ( B5 B4 ) ) helixI_cache = cache( helixI align rmsd_bound 2.0 ) adjacency( helixI 1.0 3.5 ) res_clash( helixI fixed_distance 1.0 all no_hydrogen ) distance( A8:N9 B5:N9 1.0 7.5 A8:O6 B5:N3 1.0 3.0 ) explore( helixI_cache fileName_pdb( "core_figure-%03d.pdb" ) )